COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.655276
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.643631
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.820955 2.628546
2020-09-21 17:00:00 3.384052 2.322900 2.617275
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.626477
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.624565
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.571024 2.622868

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 1.862120
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 1.888433
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 1.952293
2020-09-21 17:00:00 2.953240 1.838611 1.992600
2020-09-20 17:00:00 NaN 0.000000 2.088892
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.101744
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.191980

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 0.813234
2020-09-23 17:00:00 2.998236 0.881834 0.803742
2020-09-22 17:00:00 2.426343 0.866551 0.799627
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.187617 0.751578
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 0.737315
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 0.728577
2020-09-18 17:00:00 0.000000 0.000000 0.721970

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 1.072899
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 1.091937
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.078512
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.718993 1.072463
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.072806
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.074563
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 1.071033

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 3.692737
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 3.651178
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.096160 3.618584
2020-09-21 17:00:00 4.636520 4.636520 3.489201
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.428325
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 3.325244
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 3.201338

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.315248 2.543854
2020-09-23 17:00:00 1.887850 1.887850 2.552057
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.823795 2.613785
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.814851 2.647672
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.696172
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.728507
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.772918

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.582766
2020-09-23 17:00:00 3.580402 2.010050 2.576536
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 2.602204
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 2.586957
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 2.682512
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 2.775374
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 2.833480

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.375182 2.423756
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.384668
2020-09-22 17:00:00 3.299598 3.299598 2.340569
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.318782
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.271170
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.221806
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 2.154875

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 6.147129
2020-09-23 17:00:00 5.572755 5.572755 5.998575
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 5.904677
2020-09-21 17:00:00 9.275362 9.275362 5.766535
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.668118
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.675427
2020-09-18 17:00:00 8.263598 4.367155 5.612710

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.851279
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.839305
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.811532
2020-09-21 17:00:00 1.344287 2.927558 1.826184
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.872347
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 1.913092
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 1.944464

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 3.171331
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 3.312050
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.623907 3.289418
2020-09-21 17:00:00 4.047619 4.047619 3.231786
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.290751
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.312257
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.395082

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.051849
2020-09-23 17:00:00 0.584795 1.023891 1.067994
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.037736
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.219512 1.061980
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.054301
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.062913
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.073345 1.064495

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 3.122427
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 2.998956
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 2.996159
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 2.906151
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 2.968349
2020-09-19 17:00:00 1.995395 3.779070 2.960424
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.041833 3.012374

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.703535
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.694892
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.738128
2020-09-21 17:00:00 2.898551 3.760684 3.827429
2020-09-20 17:00:00 7.692308 3.760684 3.774260
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 3.759751
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 3.805772

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.443168
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.555564
2020-09-22 17:00:00 9.061489 3.486924 3.584429
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.623696
2020-09-20 17:00:00 2.391410 4.068078 3.622330
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 3.698636
2020-09-18 17:00:00 6.293360 6.293360 3.711453

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 2.758492
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 2.840295
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 2.861373
2020-09-21 17:00:00 5.270007 3.182711 2.868726
2020-09-20 17:00:00 3.144654 2.000000 2.940856
2020-09-19 17:00:00 4.243615 2.986248 2.971517
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.000701

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.783573
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.698605
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.650548
2020-09-21 17:00:00 7.720145 7.720145 3.683726
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.667712
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.637634
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.600633

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.111466
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 3.060904
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 3.027615
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 3.044126
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 3.026615
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 2.969982
2020-09-18 17:00:00 4.349939 2.260024 2.987521

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 3.143894 3.143894 2.412668
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.371248
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.322253
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 2.243256
2020-09-20 17:00:00 2.739981 2.739981 2.195492
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 2.194030
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 2.200456

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.481232
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.445286
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.681795 2.428506
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.279793 2.366239
2020-09-20 17:00:00 3.529412 2.493506 2.352548
2020-09-19 17:00:00 3.316062 3.316062 2.373069
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.340266

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 2.615513
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 2.620742
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 2.703387
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 2.904115
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 2.920167
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 2.952641
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 3.102479

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-24 17:00:00 4.789494 4.789494 3.818368
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.785975
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.745548
2020-09-21 17:00:00 5.181087 5.181087 3.595339
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.557631
2020-09-19 17:00:00 3.213545 3.213545 3.484426
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.417721

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.578459 1.578459 1.862120
Basilicata 1.206434 1.206434 0.813234
Calabria 0.488599 0.488599 1.072899
Campania 3.890662 3.890662 3.692737
Emilia-Romagna 1.543499 2.315248 2.543854
Friuli Venezia Giulia 2.432667 2.432667 2.582766
Lazio 2.787203 2.375182 2.423756
Liguria 6.398996 6.398996 6.147129
Lombardia 1.651164 1.651164 1.851279
Marche 1.910112 1.910112 3.171331
Molise 1.250000 1.250000 1.051849
P.A. Bolzano 2.717391 2.717391 3.122427
P.A. Trento 5.463183 5.463183 3.703535
Piemonte 2.931229 2.931229 3.443168
Puglia 2.796935 2.796935 2.758492
Sardegna 3.391572 3.391572 3.783573
Sicilia 4.005127 4.005127 3.111466
Toscana 3.143894 3.143894 2.412668
Umbria 2.720450 2.720450 2.481232
Valle d'Aosta 2.083333 2.083333 2.615513
Veneto 4.789494 4.789494 3.818368
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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